創辦人瑪喜樂女士(Joyce McMillan)在美國遇見台灣謝緯醫師，受其精神感召於1960年在埔里「基督教山地中心診所」照顧病患與宣教。

1964年二林沿海地區的義診，當日前來｢二林基督教會貧民施療中心醫院｣就診的小兒痲痺兒童人數多達200多人，眼見醫療與生活品質落後，小兒痲痺孩童在地上爬行、沒有上學受教育，瑪喜樂說「可憐的孩子在冰冷的地上爬，我向上帝禱告：噢，我能為他們做些甚麼?」為實踐基督的愛，她毅然變賣家產跨越國界離鄉背井奔波募款，終於1965年8月成立「小兒麻痺兒童保育院」。

為延續創辦人瑪喜樂女士「以基督的愛疼惜弱勢」精神，並拓展服務廣度，「財團法人基督教瑪喜樂社會福利基金會」2011年登記許可，以辦理相關社會福利慈善事業為目的，關懷照顧社區的弱勢朋友、服務中輟生、致力促進弱勢者就業、發展社會企業及推展生命教育，並協助政府推動社會福利，實踐以基督的愛服事弱勢與關懷社會。

不論是機構式服務與社區式服務及身障就業支持，喜樂永遠以回應社會需求推展專業化與多元化的服務，以增進身障與弱勢福祉。

尊崇服事的價值、敬神愛人，更認為以基督的愛疼惜弱勢者的初衷是一份社會責任，針對所服務的大小孩子，了解個別需求而提供服務，彰顯人道精神，實踐信仰使命，並也確保在我們所服務的每個生命都能是充實、健康、喜樂的。